在小说《三国演义》中，华佗因为想要用斧头劈开曹操的头颅，给曹操治疗头痛病，遭到了曹操的猜疑，被曹操关进监狱后虐待而死，说实话，并不怪曹操猜疑，那个时代的任何一个人要是听到华佗要劈开他的脑袋才能治病，恐怕都会怀疑这个医生想要谋害性命。当然这只是杜撰出来的，在真正的历史上，华佗并没有提出过给曹操做开颅手术，曹操杀死华佗的原因也并不是出于猜疑，实际上站在曹操的立场上来看，华佗确实该杀。
华佗年轻时是个学者。朝廷曾多次邀请他做官，但当时华佗一直致力于医术的学习，从未接受朝廷的召唤。后来，华佗开始举杯济世，成为一名医生。华佗医术高超。每次接手病人，他基本都会康复。全世界没有人有这种技能。当然，随着华佗的名声越来越大，很多名人都寻求华佗的治疗。
广陵总督陈登患有厌食症。他的胸部不舒服，脸红了。这其实是陈登经常吃鱼片引起的疾病。然而，当时人们对它的了解还不够。医生找不到病因，所以治不好陈登。后来，华佗给陈登开了药方。陈登吐了很多虫子，厌食症马上就治好了。华佗走后，他告诉陈登，今后三年内病情会复发，然后他可以再找到他。那是他真正康复的时候。遗憾的是，陈登又病了，没能找到华佗，最后也没有康复，反而失去了生命。真遗憾。
曹操听说华佗医术高超，便邀请华佗到他身边，使他也成为曹操自己的顽疾。他从小就有头痛的困扰，被称为世界各地的名医，但即使是缓解头痛，也没有好的治疗方法。所以曹操听说华佗给陈登治病，立即派人请他去治头痛。
然而，他们相处得并不好。每次曹操昏迷不醒的时候，华佗都会用针灸为他解除痛苦。但曹要的不是止痛，而是彻底治疗头风。华佗没有隐瞒，而是选择了诚实。他告诉曹操，这是一种顽疾，一两天内治不好。它需要不断的治疗，可以延长曹操的生命。曹操毫不怀疑，就把华佗留在身边。但不久之后，华文告诉曹操，他收到了家人的来信，想回家看看。曹操毫不怀疑，让华佗回家。
华佗回家后不想回去。他给曹操写信说，妻子病了，需要照顾自己。看到曹操给的假期到了，华佗一次又一次地延长假期，终于失去了曹操的耐心。曹操叫华佗赶快回去。他要求县里直接派去，华佗的倔强脾气也上来了。他只是拒绝回去。曹操觉得有些不正常，就派人去华佗老家（华佗和曹操是同乡）看看情况。如果华佗的妻子真的病了，那么他应该给他礼物和同情。如果她没有病，他应该把华佗绑回去。使者去看华佗的妻子没事。他最近没有病。后来华佗被绑回监狱。他被折磨得像个囚犯。荀玉也曾为华佗求情，但曹操并不感动。最后，华佗死在了监狱里。
曹操处决华佗不是什么大事，华佗应该被杀。虽然曹操不称帝，但在某种程度上，华佗对曹操谎称妻子病了，不肯回家。这是欺骗皇帝的罪行。而且，曹操命令县里把他们送回去，华佗也不肯配合。这也是一个很大的罪行。如果说这样的人本来就可以受到惩罚的话，那曹操为什么要向下属和天下取信呢？
所以曹操不怕华佗死后，没有人会治好他？曹操说这句话：
“拓能治好这个。这个恶棍害了我的病，想要有自尊。但是，如果我不杀了这个儿子，我就不会为我打碎这只原来的耳朵。”
这里的意思可以理解为华佗想胁迫曹操，为了什么？也许他想做一份正式的半工半读的工作。他知道，医生其实是一种卑微的职业，一种地方技能，在当时并不受尊重。华佗本是一个学者，但年轻时，他是自由和宽松的。年纪大了，他突然后悔没有当官，就想做官兼半职给曹操治病。也许华佗真的有这个想法。
也许华佗不喜欢和曹操在一起。他习惯于自由自在。然后他回到家，依靠自己的医术。他不听曹操的话。然而，这似乎不是过去。毕竟，医生见到曹操时，父母不愿意给他治疗，曹操也不限制华佗的自由。他仍然可以离开，但离得不远。
无论如何，曹操处决华佗是事实，华佗犯了大罪也是事实。曹操并不缺乏宽容他人的能力，但华佗自己做到了。至于中间的曲折，可能已经不重要了。历史所铭记的是华佗对中医的伟大贡献。