孤独症谱系障碍（ASD）和自闭症都是一组关于脑发育障碍的一般术语。这些疾病的主要特征除了会不同程度表现出社交困难外，ASD可能会伴随身体健康问题，如睡眠和胃肠道紊乱。
胃肠道疾病
由于不能用语言表达，自闭症孩子的疼痛往往通过自己的某些行为或者身体告知我们，例如自我抚慰行为的增加（如，摇摆），或爆发的攻击行为，或自我伤害。有些是可治疗的物理性疼痛，例如牙痛，损伤性胃肠道不适。
许多家长反应他们的自闭症孩子存在胃肠道问题，医学界也逐渐认识到这是一个真实存在及可治疗的，但与孤独症症状共存，所以不能完全治愈。患有胃肠道问题的自闭症儿童确切人数是未知的，例如胃炎，慢性便秘，结肠炎，腹腔疾病和食管炎等，但是调查已经表明大多数自闭症儿童具有诸如慢性便秘或腹泻的问题。除了这些胃肠道相关的不适症状，食物或环境过敏在自闭症患者中也很常见。
国外胃肠道专家对部分自闭症儿童进行的饮食干预研究表明，严格遵循特定的饮食方案或采用较为流行自闭症饮食搭配，如选择非乳制品和去除麸质的食物，可有效防止自闭症患儿的胃肠疾病。专家建议指导医生与家长保持持续沟通，在患儿的日常饮食上需达成共识，以保证饮食干预的持续性和有效性。许多自闭症患者由于伴随有胃肠道问题，并大多有严重厌食和进食困难等症状。
睡眠功能障碍
睡眠问题在自闭症儿童和青少年中很常见。与正常孩子的睡眠情况相比，自闭症患儿经常存在有睡眠困难，经常夜醒，睡眠时间明显不足等问题。缺乏睡眠可能影响小孩的注意力和学习，影响他们接受干预治疗的效果。如阻塞性睡眠呼吸暂停或胃食管反流等医学问题，可能也会引起睡眠障碍问题。如果把此类医学问题解决了，睡眠不足也会迎刃而解。但其它情况下，如果不是医学原因引起时睡眠障碍，可采用“睡眠卫生”措施的行为干预来改善睡眠问题，例如限制日间睡眠以及建立规律的睡眠时间。医院有经验较丰富的行为干预工作人员，能够为家长提供改善患儿睡眠质量的策略，这种干预行为也可加强患儿接受教育的能力。
异食癖
异食癖是一种进食障碍，表现为摄入非食物类东西。如18至24个月大的幼儿常常喜欢将一些玩具或非食物类东西放入口中，这在生长发育过程中是属于正常的。但一些患有自闭症和其他发育障碍的儿童即便过了这一年龄段，还是持续存在异食癖，并且继续吃诸如污垢，粘土，粉笔或油漆碎片的物品。
遗传性疾病
少数患有自闭症患儿也可能有神经遗传性疾病，例如脆性X综合征，Angelman综合征，结节性硬化症，15号染色体重复综合征或另一种染色体异常。了解孤独症患儿是否有这些疾病非常重要，因为这些疾病往往伴随着复杂的医学问题。